Uuden Insinööriliiton korkein päättävä elin on edustajakokous, jossa äänivaltaa käyttävät jäsenyhdistysten nimeämät edustajat - eli insinöörit ja muut tekniikan alan asiantuntijat. Edustajakokous pidetään kaksi kertaa vuodessa.
Hallitus hoitaa liiton asioita ja johtaa sen toimintaa edustajakokousten välillä. Liiton puheenjohtaja on hallituksen puheenjohtaja. Valio- ja valtuuskunnat toimivat hallituksen tukena.